До складу центру входять:

 командування центру;

 науково-дослідний відділ (розробки моделей операцій та бойових дій);

 науково-дослідний відділ (перспектив розвитку та проблем супроводження моделей операцій);

 група технічного забезпечення.

Організаційно-штатна структура центру та чисельність особового складу визначається штатом університету.

Навчально-матеріальна база
Основою спеціального програмного забезпечення центру є система імітаційного моделювання Joint Conflict and Tactical Simulation (JCATS), яка постійно оновлюється американською стороною (розробником системи).
Апаратно-програмний комплекс центру розміщений у 21 приміщенні загальною площею біля 1500 кв. м. Технічною основою Центру є локальна обчислювальна мережа, яка розташована в 11 навчальних аудиторіях загальною кількістю більше 100 робочих місць.
Під час навчальних занять вони використовуються для навчання слухачів застосуванню інформаційних технологій у штабах.
Під час командно-штабних навчань навчальні аудиторії використовуються як елементи командних пунктів (органів управління) штабів ЗС України або багатонаціональних.